Ferramenta computacional permite avaliar e melhorar a qualidade de genomas virais

Pesquisadores norte-americanos desenvolveram uma ferramenta computacional que permite avaliar e melhorar a qualidade de genomas virais obtidos por meio de metagenômica – técnica que consiste em sequenciar todo o material genético presente em amostras ambientais (de solo ou de água, por exemplo) e depois identificar por bioinformática a quais organismos pertencem as sequências geradas.

Divulgado na revista Nature Biotechnology, o trabalho foi conduzido no Instituto Conjunto do Genoma do Departamento de Energia dos Estados Unidos, sob a coordenação de Nikos Kyrpides e Stephen Nayfach. Um dos coautores é Antônio Pedro Camargo, doutorando no Instituto de Biologia da Universidade Estadual de Campinas (IB-Unicamp) e bolsista da FAPESP.

A ferramenta, nomeada “CheckV”, está disponível para download gratuito no endereço http://bitbucket.org/berkeleylab/CheckV.  A CheckV também é capaz de indicar o quão completa está a sequência obtida. De acordo com Camargo, isso é possível porque o tamanho do genoma é relativamente conservado entre vírus similares, pois é limitado pelo capsídeo – invólucro proteico que protege o material genético desses microrganismos.    Saiba mais.   

Fonte: Agência FAPESP - 25/03/21